Madrasah Aliyah Negeri Kelua sebelumnya adalah sebuah lembaga Pendidikan Guru Agama (PGA) empat tahun yang bernama PGA Sinar Islam terletak di desa Telaga Itar Kecamatan Kelua padatahun 1968 di negerikan menjadi PGAN dan masih berada di Telaga Itar.

Lulusan PGAN Pertama pada tahun 1970. Pada tahun 1972 dipindah ke Desa Pudak Setegal dengan kepala yang pertama adalah Bapak Haidul Hudari, BA dan kepala TU adalah bapak Tauhid.

Untuk menambah areal dan perluasan lokasi Pada tahun 1972 panitia pembangunan PGAN membeli tanah di lokasi tersebut, pada saat itu Panitia Pembangunan diketuai oleh Camat Kelua Bapak AA. Rifa’i sebagai ketua umum pembangunan PGAN enam tahun. Adapun susunan panitia pembangunan PGAN enam tahun adalah

Ketua Umum          : AA. Rifa’I ( Camat Kelua) 

Ketua I  : H. Abdul Hamid

Sekretaris               : Muhammad Saberan

Bendahara             : H. Anang Acil

Pembelian tanah saat itu harga pemborongan Rp. 2.250,- dan dengan cara mengedarkan koperasi wakaf Rp. 450,- maka didapatkan tanah dengan panjang 155 m dan lebar 155 m . atau kurang lebih 2 hektar.

Dibangun selama 1 tahun yang dibantu oleh Koramil Let. Rajudin, Dansek Muhammad Aini dari Kandangan dengan kondisi yang sangat sederhana atap dari daun dan dinding dari kayu. Dan berhasil membangun   8,   lokal berkat bantuan pemerintah dan masyarakat.

Tahun 1979 PGAN di Kalsel dilebur ( dikerucutkan ) di Kelua, Rantau, Barabai, Amuntai, Kandangan dijadikan 4 PGAN, dengan KMA 16 tahun 1979 Amuntai, Barabai, Kandangan dan Banjarmasin. Sedangkan untuk PGAN Kelua berubah menjadi MAN 2 TABALONG. Dengan Kepala Madrasah yang pertama adalah bapak Mukhtar, BA.

Sejak saat itulah MAN 2 TABALONG terus berkembang dan berbenah hingga

sekarang.